日本語入力ソフトとしての「SKK」の魅力は下記のページに、まとまっています。
オープンソースの日本語入力ソフト「SKK」は便利!:ITpro
http://itpro.nikkeibp.co.jp/article/Watcher/20070220/262509/
1. 人間が文節の区切りを教えるため、文節区切り誤りによるストレスが少ない
2. 各種OSで実装がある。同じ操作感で入力が可能
(Win → SKKIME, Linux → scim-skk, MacOS → AquaSKK)
3. 辞書が充実している
SKK辞書 - FreeStyleWiki
http://openlab.jp/skk/wiki/wiki.cgi?page=SKK%BC%AD%BD%F1
4. 変換から辞書登録の流れがシームレス
以上が上記ページであげられていた理由ですが、他にも
5. 語尾の変化による誤変換がないので、話し言葉や方言の入力が容易
6. 辞書ファイルを直接いじることができる
といった点が特長になります。
「手書きに近い感覚」というのも誇張ではありません。Shiftキーで明示的に変換開始場所を定めるので、漢字の割合がやたらと多くならずにすむのも、読みやすい文章を書く上ではポイントだと思います。
ただ、自分の管理下にないWindowsの共用端末で困らないように、MS-IMEもたまに使うようにしています。(^^;;